消化管の免疫機構が作動すると、分泌型IgAが分泌されます。IgAは標的となる細菌や異物に結合してその作用を阻止します。乳酸菌やビフィズス菌はIgAの分泌を行うリンパ組織を増加させ、活発化させます。したがって、大腸内の環境を整える、善玉腸内細菌を増やすような条件を備えている食物因子は、腸管免疫が働くことを促進する作用があります。また、腸内細菌叢を改善すると、獲得免疫にかかわる仕組みにもよい影響がでることが報告されています。
 小腸粘膜にはパイエル板といわれる免疫組織があり、分泌型IgAを分泌する点では大腸の機能と類似しています。パイエル板に働く成分としてはβ-グルカンが知られていますが、これまでの研究ではきのこや酵母などのβ-グルカンの有効性が報告されています。これらのβ-グルカンはβ-1-3結合、β-1-3,1-6結合、β-1-6結合をもつもので、大麦のβ-グルカンはβ-1-3,1-4結合であり、現在のところその効果は定かではありません。しかし、腸内細菌叢への効果はかなり確実であり、大麦の免疫機能への効果は十分考えられると思われます。
 なお、一般的には免疫機能が高まることに関心が寄せられますが、一方で免疫機能が異常に作用すると、アレルギー（アトピーを含む）を起こします。腸内環境を整えることによって、アレルギーやアトピーの発症を抑えることも報告されています。大麦については直接免疫機能の正常化を示す研究はありませんが、大麦の大腸機能への効果からその可能性は十分にあると思われますので、今後の研究が期待されます。